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中科院成都生物所《生物信息学与生物统计》培训
发表日期: 2021-08-27 编辑: 文章来源:
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 在院人事局的支撑下,成都生物所定于20210901-0904日,开展《生物信息学与生物统计》培训。本次培训面向所内外相关科研人员,全程以网络会议形式举行,总名额200人,欢迎参加!如有需求,请于083117:00前联系工作人员,QQ1021543760 

 一、时间安排 

 0901日:学员报到。 

 0902-0904日:课程学习。课程内容及时间安排如下表: 

 

日期 

时间 

内容 

主讲人 

临时引导 

0902 

09:00 - 10:20 

应用与环境微生物实验室常用仪器原理 

李家宝 

志愿者 

10:30 - 12:00 

显微技术原理及应用 

蒋城、黄田钫 

志愿者 

14:00 - 15:30 

蛋白质操作仪器原理及应用 

谢天 

志愿者 

15:40 - 17:10 

质谱、核磁技术原理及应用 

谢可馨、蒋艳 

志愿者 

0903 

09:00 - 9:50 

分子微生物生态学技术及原理 

李家宝 

志愿者 

10:00 - 12:00 

Linux基础和Docker容器(演示+所内远程操作) 

李超男 

志愿者 

14:00 – 15:00 

微生物组数据库平台实现原理与功能先容(演示) 

李超男 

志愿者 

15:20 – 18:00 

微生物组扩增子测序数据分析(演示+所内远程操作) 

徐琳 

志愿者 

0904 

09:00 - 12:00 

R语言和微生物组统计分析基础(演示操作) 

涂波 

志愿者 

14:00 - 17:00 

基于R语言microeco包的数据统计分析和可视化(演示+所内远程操作) 

廖海君 

志愿者 

   

 二、培训会议室 

 Tencent网络会议室(待定,QQ群内公布) 

 三、培训内容提纲 

 1. 所内部分常用仪器及原理 

  1)应用与环境微生物实验室常用仪器原理 

  2)显微技术原理及应用 

  3)蛋白质操作仪器原理及应用 

  4)质谱、核磁技术原理及应用 

 2. 分子微生物生态学技术及原理 

  (1) 微生物群落生态学研究方法 

  (2) 高通量测序原理 

 3. Linux基础和Docker容器 

  (1) Linux操作系统概况(Linux操作系统特性以及常见的操作命令,满足普通用户使用即可,主要为文件、目录和权限相关的操作命令) 

  (2) Docker容器概况及操作(Docker容器先容以及Docker操作相关的命令,包括Docker镜像下载、数据卷的挂载、Docker容器停止及删除等) 

 4. 微生物组数据库平台实现原理与功能先容 

  (1) 开发背景及实现原理概况 

  (2) 数据提交、检索和分析演示 

  (3) 基于微生物组数据库的统计分析和可视化演示 

 5. 微生物组扩增子测序数据分析 

  (1) 基于QIIME216S rRNA基因测序数据处理 

  (2) 基于QIIME2的功能基因测序数据处理(以phoD基因为例) 

 6. R语言和微生物组统计分析基础 

  (1) R语言概况(包括:R语言的特性和应用领域等) 

  (2) RStudio使用方法(包括:RStudio使用方法以及R语言包的安装和删除) 

  (3) R语言基本语法(包括:向量、列表、数据框和矩阵的增删查改以及R语言条件判断和循环) 

  (4) R语言文件读写(包括:texttsvexcelcsv文件的读写以及pdfpngjpg等图片的保存) 

  7. 基于R语言microeco包的数据统计分析和可视化 

  (1) microeco包先容及microeco dataset的构建 

  (2) 物种组成分析(柱状图、箱线图、饼图和韦恩图等) 

  (3) 多样性分析:alpha, beta多样性分析 

  (4) RDA分析 

  (5) 相关分析 

  (6) 聚类分析 

  (7) LEfSe分析 

  (8) 随机森林分析(Random forest 

  (9) 零模型(Null model 

  (10) 网络分析(Network analysis 

  (11) 功能预测 

 四、注意事项 

 1.  93日和4日有演示+远程操作,请自备硬件和App,保持正常网络连接。 

 2.  由于服务器资源有限,人员过多时服务器连接可能中断,因此远程操作仅限所内局域网,敬请谅解! 

    

    

  环境治理与食品安全领域 

  公共技术中心 

  常识管理中心 

  2021.8.27 


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